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Los microscopios digitales son aquellos que capturan una imagen digital de la muestra. Esto se consigue conectando una cámara digital en lugar del ocular. Existen microscopios digitales con distintas configuraciones. Habitualmente deben conectarse al ordenador para poder transmitir las imágenes y a continuación visualizarlas. También es cierto que existen microscopios digitales con una pantalla incorporada. Estos permiten ver la muestra en la pantalla y almacenar imágenes que pueden transmitirse a continuación a un ordenador mediante conexión USB o tarjeta SD.
Un tipo especial de microscopios digitales son los microscopios USB. Estos microscopios consisten únicamente en una lente de gran aumento y una cámara digital. El aumento que se alcanza es limitado en comparación con un microscopio óptico convencional. Aún así son instrumentos muy versátiles y útiles para observar objetos cotidianos. Los microscopios USB se conectan al ordenador mediante conexión USB y permiten guardar imágenes de la muestra.
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